Sim, você pode emitir notas fiscais de serviços abrangidos por um CNAE secundário, mesmo que a atividade principal ainda não gere faturamento. Para isso, a atividade deve estar devidamente cadastrada e atender às exigências de emissão da NFS-e, licenciamento e registro profissional, quando aplicáveis. A nota deve descrever o serviço efetivamente prestado.
Essa situação pode ocorrer no início da empresa, durante o desenvolvimento de projetos ou em períodos de sazonalidade. Para o cadastro do CNPJ, a atividade principal é aquela de maior receita auferida ou esperada. Por isso, ficar sem faturamento na atividade principal em determinado mês não significa, por si só, que seja necessário trocar os CNAEs.
Se a atividade secundária se consolidar como a principal fonte de receita, procure a contabilidade para avaliar a atualização cadastral. O antigo CNAE principal pode continuar como secundário, caso a empresa mantenha essa atividade. Veja como consultar o CNAE pelo CNPJ e conferir as atividades registradas na sua empresa.