Sim, desde que o serviço prestado esteja abrangido pelo CNAE cadastrado. O CNAE classifica a atividade econômica da sua empresa, e não apenas o setor do cliente. Por exemplo, uma empresa de desenvolvimento de software pode atender negócios de diferentes segmentos mantendo o mesmo código, quando a natureza do serviço permanece a mesma.
Atender um novo setor não exige, por si só, incluir outro CNAE. Porém, se o contrato envolver uma atividade diferente ou especializada que não esteja contemplada no cadastro, será necessário avaliar a inclusão do código adequado e possíveis exigências profissionais ou de licenciamento. Isso merece atenção especialmente em serviços técnicos e regulamentados.
Na nota fiscal, o código de serviço e a descrição devem corresponder ao que foi efetivamente entregue. O setor do cliente, isoladamente, não determina essa classificação. Antes de aceitar um contrato com escopo diferente, confirme o enquadramento com a contabilidade. Veja como consultar o CNAE pelo CNPJ e conferir as atividades cadastradas.