Sim, em regra, se o serviço já foi prestado, você deve emitir a NFS-e mesmo sem ter recebido o pagamento. A emissão documenta a prestação e deve seguir o momento e o prazo definidos pelas regras aplicáveis ao município e à operação. O vencimento negociado com o cliente não adia automaticamente essa obrigação.
Envie a nota acompanhada das instruções de cobrança e mantenha o controle dos valores a receber. A inadimplência, por si só, não autoriza cancelar uma nota de serviço efetivamente prestado. Se houver atraso, faça a cobrança conforme o contrato e guarde os comprovantes da execução do trabalho.
O momento de pagar os tributos depende do regime tributário e da forma de apuração da empresa. No regime de competência, a receita pode gerar imposto antes do recebimento; por isso, alinhe os prazos comerciais ao seu fluxo de caixa. Veja como funciona o Emissor Nacional da NFS-e e confirme com a contabilidade as regras para sua atividade.