Sim, em regra, você pode atuar como profissional autônomo no CPF e prestar serviços pelo CNPJ ao mesmo tempo. Cada contratação deve estar identificada corretamente, com documentos, recebimentos e declarações separados. O formato adequado depende da atividade e das exigências fiscais, municipais e profissionais aplicáveis.
Na pessoa física, os rendimentos de serviços recebidos de outras pessoas físicas ou do exterior estão sujeitos à apuração pelo Carnê-Leão, com pagamento quando houver imposto devido. Já os pagamentos recebidos de empresas brasileiras seguem regras próprias de retenção. As receitas contratadas pelo CNPJ devem ser registradas e tributadas na empresa, inclusive quando o cliente for uma pessoa física.
Atender o mesmo cliente nos dois formatos exige contratações efetivamente distintas e documentação coerente, sem dividir artificialmente a remuneração de um único serviço. Essa situação não caracteriza fraude ou vínculo empregatício automaticamente, mas merece avaliação contábil e jurídica. Entenda como funciona a prestação de serviços como PJ antes de definir como contratar e receber.