Sim, você pode emitir NFS-e para clientes de outros municípios. Utilize o emissor aplicável à sua empresa e informe corretamente o CPF ou CNPJ e o endereço do tomador. O fato de o cliente estar em outra cidade não exige, por si só, uma nova inscrição ou mudança no seu CNPJ.
Em regra, o ISS é devido no município do estabelecimento prestador, mas a Lei Complementar nº 116/2003 prevê exceções conforme o serviço. Por isso, o endereço do cliente, o local da prestação e o município de incidência do imposto não são necessariamente iguais. A retenção do ISS também depende das regras legais aplicáveis, e não apenas de uma solicitação do cliente.
Antes de emitir, confirme o código de serviço, o município de incidência e se existe retenção obrigatória. Não marque “ISS retido” apenas porque o cliente está em outra cidade. Se houver erro no sistema, confira o cadastro e o preenchimento com a contabilidade. Veja como emitir NFS-e para cliente de outra cidade no Emissor Nacional.