Informe o município onde o serviço foi efetivamente realizado, conforme as orientações do emissor. Se você executou todo o trabalho remotamente no estabelecimento da sua empresa, normalmente será esse o local da prestação. O endereço do cliente em outra cidade não transforma, por si só, o município dele no local de execução.
Não confunda o endereço do prestador, o endereço do cliente e o município de incidência do ISS. Em regra, o imposto é devido no local do estabelecimento prestador, mas existem exceções conforme o serviço. Por isso, trabalhar pela internet não garante que todos esses campos devam indicar a cidade registrada no CNPJ.
A retenção do ISS também deve ser verificada conforme a operação e as regras aplicáveis. Ser optante pelo Simples Nacional não elimina todas as hipóteses de retenção. Antes de emitir, confirme o preenchimento com a contabilidade e consulte como emitir NFS-e para cliente de outra cidade no Emissor Nacional.