Quanto uma clínica médica paga de imposto? Veja a tributação como autônomo, Simples Nacional e Lucro Presumido.

Quanto uma clínica médica paga de imposto? Veja a tributação como autônomo, Simples Nacional e Lucro Presumido.

Publicado em01/07/2026

Tempo leitura16min

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Quanto uma clínica médica paga de imposto depende do regime tributário escolhido: pessoa física, Simples Nacional ou Lucro Presumido. Como pessoa física, o médico pode pagar IRPF pela tabela progressiva, INSS e ISS. Como PJ, a clínica pode pagar a partir de 6% no Simples Nacional, quando há enquadramento no Anexo III pelo Fator R.

Na prática, muitas clínicas médicas pagam mais imposto do que deveriam porque escolhem o regime tributário sem simular faturamento, folha, pró-labore, ISS municipal, margem de lucro e comparação com Lucro Presumido.

Este conteúdo integra o cluster de regime tributário, onde explicamos como escolher entre Simples Nacional, Lucro Presumido e Lucro Real para pagar menos impostos dentro da lei.

Se você quer calcular impostos para clínica médica, use a calculadora de impostos da contabilidade.com ou conheça nossa página de contabilidade para clínicas médicas.

Resumo rápido

  • Clínica médica não pode ser MEI.
  • Como pessoa física, o médico pode pagar até 27,5% de IR, INSS e ISS.
  • No Simples Nacional, a clínica pode pagar a partir de 6% pelo Anexo III.
  • Sem Fator R, a tributação pode começar em 15,5% no Anexo V.
  • O Lucro Presumido costuma variar entre 13,33% e 16,33%, conforme ISS.
  • Para clínicas com faturamento maior, o Lucro Presumido pode ser mais competitivo.

Neste artigo você vai entender

Quanto uma clínica médica paga de imposto?

Uma clínica médica pode pagar impostos como pessoa jurídica no Simples Nacional ou no Lucro Presumido. Antes da abertura da clínica, muitos médicos também atuam como pessoa física, mas esse modelo costuma ficar caro quando o faturamento cresce.

Forma de atuaçãoTributação principalQuando costuma acontecer
Pessoa FísicaIRPF até 27,5%, INSS e ISS municipalMédico autônomo que recebe diretamente de pacientes.
MEINão aplicávelClínica médica e médico não podem ser MEI.
Simples Nacional – Anexo IIIA partir de 6%Quando o Fator R é igual ou superior a 28%.
Simples Nacional – Anexo VA partir de 15,5%Quando o Fator R é inferior a 28%.
Lucro PresumidoEm geral, carga efetiva aproximada entre 13,33% e 16,33%, conforme ISSQuando o Simples fica caro ou a clínica tem faturamento maior.

A melhor escolha depende do faturamento, folha de pagamento, pró-labore, ISS municipal, margem de lucro, especialidades atendidas, número de médicos, estrutura da clínica e volume de despesas.

Comparativo: médico pessoa física x clínica PJ

A principal diferença entre atuar como pessoa física e abrir uma clínica médica PJ está na forma de apuração dos impostos, emissão de notas fiscais e organização da operação.

CritérioPessoa FísicaClínica PJ
TributaçãoIRPF progressivo, INSS e ISSSimples Nacional ou Lucro Presumido
Documento emitidoRecibo ou nota municipal, conforme regras locaisNota fiscal pelo CNPJ
Dedução de despesasLivro-caixa, quando bem organizadoControle contábil, folha, despesas e planejamento tributário
Risco de pagar imposto altoMaior quando o faturamento cresceMenor quando o regime é bem escolhido
IndicaçãoAtuação inicial ou faturamento baixoConsultório estruturado, clínica, equipe e emissão recorrente de notas

Médico pessoa física: Carnê-Leão, IRPF, INSS e ISS

O médico que recebe como pessoa física precisa declarar seus rendimentos e recolher impostos conforme as regras aplicáveis.

Os principais tributos são:

  • IRPF: segue a tabela progressiva do Imposto de Renda e pode chegar a 27,5%;
  • Carnê-Leão: recolhimento mensal obrigatório para rendimentos recebidos de pessoa física;
  • INSS: contribuição como contribuinte individual, normalmente de 20% sobre a remuneração, respeitado o teto previdenciário;
  • ISS: imposto municipal sobre serviços, conforme regras da cidade.

O médico pessoa física também pode usar livro-caixa para registrar receitas e despesas dedutíveis ligadas à atividade profissional, como aluguel, condomínio, energia, água, materiais, funcionários, cursos, equipamentos, softwares, telefone, internet e outras despesas necessárias.

O ponto de atenção é que, conforme o faturamento cresce, a tributação como pessoa física pode ficar mais pesada do que a atuação por meio de uma clínica médica PJ.

Clínica médica pode ser MEI?

Não. Clínica médica não pode ser MEI. A atividade médica é regulamentada, exige formação superior, registro profissional e estrutura incompatível com o modelo de Microempreendedor Individual.

Por isso, quando o médico decide abrir CNPJ, o caminho costuma ser constituir uma empresa em formato como SLU ou LTDA, com enquadramento no Simples Nacional ou no Lucro Presumido, conforme o caso.

Para conferir atividades permitidas no MEI, veja a Tabela completa dos CNAES do MEI.

Clínica médica no Simples Nacional: Anexo III, Anexo V e Fator R

A clínica médica pode optar pelo Simples Nacional, desde que cumpra os requisitos do regime. A tributação pode variar entre Anexo III e Anexo V.

No Anexo III, a alíquota inicial é de 6%. No Anexo V, a alíquota inicial é de 15,5%. A definição depende do Fator R.

O Fator R compara a folha de pagamento dos últimos 12 meses com o faturamento bruto do mesmo período. Se a folha representar pelo menos 28% do faturamento, a clínica médica pode ser tributada pelo Anexo III. Se ficar abaixo disso, tende a cair no Anexo V.

Fator R = folha de pagamento dos últimos 12 meses ÷ faturamento bruto dos últimos 12 meses
EnquadramentoAlíquota inicialQuando se aplica
Anexo III6%Fator R igual ou superior a 28%.
Anexo V15,5%Fator R inferior a 28%.

Para aprofundar, veja a Tabela do Simples Nacional, o guia do Anexo III, o conteúdo sobre Anexo V e o guia de Fator R.

Simulação de impostos para clínica médica no Simples Nacional

A tabela abaixo mostra uma simulação didática considerando empresas na primeira faixa do Simples Nacional e comparando o Anexo III com o Anexo V.

Faturamento mensalPró-labore mínimo para Fator R de 28%DAS no Anexo VDAS no Anexo IIIEconomia estimada no DAS
R$ 5.000R$ 1.400R$ 775R$ 300R$ 475
R$ 10.000R$ 2.800R$ 1.550R$ 600R$ 950
R$ 20.000R$ 5.600R$ 3.100R$ 1.200R$ 1.900
R$ 30.000R$ 8.400R$ 4.650R$ 1.800R$ 2.850

Esses valores consideram apenas o DAS. Para atingir o Fator R por meio de pró-labore ou folha, também é necessário considerar INSS e eventual Imposto de Renda na pessoa física.

Em clínicas médicas com equipe, recepcionistas, técnicos, médicos contratados, pró-labore e folha estruturada, o Fator R pode favorecer o Anexo III. Já clínicas com baixa folha devem simular com cuidado para evitar tributação mais alta no Anexo V.

Use a calculadora de impostos da contabilidade.com para comparar cenários.

Clínica médica no Lucro Presumido

O Lucro Presumido pode ser uma alternativa para clínicas médicas quando o Simples Nacional não é vantajoso, especialmente em casos de Anexo V, faturamento mais alto, baixa folha de pagamento ou margem de lucro elevada.

Nesse regime, a empresa paga IRPJ, CSLL, PIS, COFINS e ISS. Para serviços médicos, a base de presunção normalmente é de 32% sobre o faturamento para IRPJ e CSLL.

Em muitos casos, uma referência de carga para serviços no Lucro Presumido fica entre 13,33% e 16,33%, considerando tributos federais e ISS municipal, mas o cálculo deve ser feito caso a caso.

Esse regime pode ser competitivo para clínicas com faturamento maior, principalmente quando a alíquota efetiva do Simples Nacional sobe ou quando a empresa não consegue manter Fator R favorável.

Para entender melhor, leia o guia de Lucro Presumido.

Simples Nacional ou Lucro Presumido para clínica médica?

A escolha entre Simples Nacional e Lucro Presumido depende principalmente do Fator R, faturamento, folha de pagamento, margem de lucro, ISS do município, estrutura da clínica e especialidades atendidas.

CenárioSimples NacionalLucro Presumido
Clínica com Fator R favorávelTende a ser vantajoso pelo Anexo III.Normalmente precisa ser comparado, mas pode perder para o Anexo III.
Clínica sem Fator RPode cair no Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%.Pode ser competitivo em alguns cenários.
Clínica com equipe e folha relevantePode se beneficiar do Fator R.Depende da margem, folha e estrutura.
Clínica com faturamento maiorPode subir de faixa e exigir simulação.Pode ser mais previsível e competitivo.

Para comparar com mais precisão, veja o conteúdo sobre impostos de PJ: Simples x Lucro Presumido.

O que muda para clínicas médicas com a Reforma Tributária?

A Reforma Tributária muda gradualmente a tributação sobre consumo no Brasil, com a criação de novos tributos como CBS e IBS durante o período de transição.

Para clínicas médicas e serviços de saúde, o ponto principal é acompanhar como ficará a tributação dos serviços, as reduções previstas para determinadas atividades, a emissão de notas fiscais, a apuração de créditos e a escolha entre recolher IBS e CBS dentro ou fora do Simples Nacional.

Durante a transição, regimes como Simples Nacional e Lucro Presumido continuam exigindo análise individual. Por isso, clínicas médicas devem revisar o enquadramento tributário com frequência, principalmente quando houver aumento de faturamento, contratação de equipe, mudança de estrutura, abertura de novas unidades ou alteração nas regras operacionais.

Para entender o contexto geral, veja o artigo sobre Reforma Tributária, o conteúdo sobre Reforma Tributária para prestadores de serviços e o guia sobre Reforma Tributária para profissionais PJ.

Vale a pena abrir CNPJ para clínica médica?

Em muitos casos, vale a pena abrir CNPJ para clínica médica quando há faturamento recorrente, atendimento em consultório, contratação de equipe, emissão frequente de notas, convênios, prestação de serviços para empresas ou estrutura própria.

Com CNPJ, a clínica médica pode escolher entre Simples Nacional e Lucro Presumido, emitir nota fiscal, separar finanças pessoais e profissionais, definir pró-labore, organizar folha, distribuir lucros e estruturar melhor a rotina tributária.

A definição do CNAE deve ser validada conforme a atividade exercida, especialidade médica, estrutura da clínica, existência de procedimentos, exames, consultas, equipe e responsabilidade técnica.

Para apoio especializado, conheça a página de contabilidade online para clínicas médicas ou fale com um especialista pelo WhatsApp da contabilidade.com.

FAQ – Perguntas Frequentes sobre Impostos para Clínicas Médicas

1. Quanto uma clínica médica paga de imposto?
Depende do regime tributário. No Simples Nacional, pode pagar a partir de 6% pelo Anexo III ou 15,5% pelo Anexo V. No Lucro Presumido, a carga costuma ficar entre 13,33% e 16,33%, conforme ISS.

2. Clínica médica pode ser MEI?
Não. Clínica médica não pode ser MEI porque a atividade médica é regulamentada e exige estrutura incompatível com o Microempreendedor Individual.

3. Clínica médica paga 6% no Simples Nacional?
Pode pagar a partir de 6% quando se enquadra no Anexo III pelo Fator R.

4. Clínica médica é Anexo III ou Anexo V?
Pode ser Anexo III ou Anexo V. A definição depende do Fator R, que compara folha de pagamento e faturamento.

5. Médico pessoa física paga Carnê-Leão?
Sim, quando recebe rendimentos de pessoa física, o médico deve apurar e recolher Carnê-Leão conforme as regras aplicáveis.

6. Lucro Presumido vale a pena para clínica médica?
Pode valer a pena quando o Simples Nacional cai no Anexo V, quando há baixa folha, faturamento maior ou quando a margem torna o Presumido mais competitivo.

7. Clínica médica precisa de Fator R?
No Simples Nacional, o Fator R pode definir se a clínica será tributada pelo Anexo III ou pelo Anexo V. Por isso, deve ser acompanhado mensalmente.

8. O que muda para clínicas médicas com a Reforma Tributária?
A Reforma Tributária altera gradualmente a tributação sobre consumo, com CBS e IBS. Clínicas médicas devem acompanhar o impacto nas notas fiscais, créditos, Simples Nacional, Lucro Presumido e serviços de saúde durante a transição.

Conclusão

Saber quanto uma clínica médica paga de imposto exige comparar pessoa física, Simples Nacional, Lucro Presumido e os impactos da Reforma Tributária.

Para muitas clínicas médicas, abrir CNPJ e escolher corretamente o regime tributário pode reduzir a carga fiscal, melhorar a emissão de notas, organizar folha, pró-labore, contratos e separar melhor as finanças da operação.

Mas a decisão depende de faturamento, Fator R, folha, ISS, CNAE, margem de lucro, especialidade, estrutura da clínica e plano de crescimento.

Precisa calcular quanto pagaria como clínica médica? Use a calculadora de impostos, consulte os planos e preços ou fale com o time da contabilidade.com para clínicas médicas.

Erico Azevedo

Escrito por:

Erico Azevedo

Empreendedor serial e CEO da Contabilidade.com, plataforma contábil completa para CNPJs. Também é sócio-fundador do Contbank, primeira solução de BPO e Gestão Financeira Simplificada com Inteligência Artificial e Open Finance. Em 2018, fundou a Wabbi Software, primeira plataforma contábil em nuvem do Brasil, posteriormente vendida à ContaAzul, onde se tornou sócio e acionista. Além da carreira empreendedora, é pesquisador, com Doutorado em Engenharia Elétrica pela UNICAMP e Doutorado em Psicologia pela PUC/SP. Autor de diversos livros e pesquisas sobre campos informacionais e intuição, é fundador da Associação Oriont, dedicada ao estudo da consciência. Editor e coautor do livro científico “Information Fields Theory and Applications: Quantum Communication in Physics and Biology” (Springer Nature, 2025) e autor de “Intuição: do mistério à maestria”, obra que conecta ciência, percepção e autoconhecimento. Com muita experiência na interseção entre tecnologia, finanças, psicologia e inovação, Erico Azevedo é referência em liderança, empreendedorismo e inovação organizacional no Brasil e no exterior.

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